Diagnozo Crohnove bolezni postavijo na podlagi pogovora (anamneza), kliničnega pregleda in preiskav. Če po opravljenem pogovoru in telesnem pregledu obstaja sum na Crohnovo bolezen, bo zdravnik opravil še nekatere preiskave, navedene v nadaljevanju.
Endoskopija je najpomembnejša diagnostična preiskava. Uporablja se endoskop, ozka, gibljiva cevka z virom svetlobe in majhno kamero, ki prenaša sliko na zaslon. Z endoskopom gastroenterolog pregleda prebavno cev. Pri pregledu širokega črevesa uvede endoskop skozi zadnjično odprtino - kolonoskopija, pri pregledu zgornje prebavne cevi pa skozi usta - gastroskopija in enteroskopija.
Ob endoskopski preiskavi zdravnik odvzame koščke tkiva iz prizadetih predelov (biopsija). Vzorec nato natančno analizirajo v laboratoriju in pregledajo pod mikroskopom. Patohistološko mnenje je izredno pomembno, saj potrdi bolezen, loči med posameznimi oblikami KVČB, pokaže stopnjo aktivnosti vnetja in morebitno displazijo pri dolgoletni bolezni.
Radiološke preiskave so pomembne dopolnilne diagnostične preiskave, ki omogočajo prikaz obolelega dela prebavne cevi in/ali zapletov bolezni.
Nativna rentgenska (RTG) slika trebuha: uporablja se pri prizadetih bolnikih za izključitev toksičnega megakolona, predrtja prebavne cevi in zapore črevesja (ileus).
CT enterografija (CTE): preiskava, ki da podobne podatke kot MRE, vendar jo omejuje RTG sevanje.
Magnetna resonanca (MR): novejši diagnostični postopek, pri katerem ne uporabljajo rentgenskih žarkov; metoda temelji na resonanci vodikovih ionov v močnem magnetnem polju. Telo oziroma organ, ki ga preiskujejo med snemanjem, je v statičnem magnetnem polju, z uporabo radiofrekventnih valov pa se oblikujejo signali, ki se s pomočjo računalniškega programa spremenijo v sliko.
MR male medenice: pomembna preiskava pri sumu na zaplete Crohnove bolezni, kot so perianalne fistule z abscesi.
Magnetno resonančna enterografija (MRE): zelo pomembna preiskava tankega črevesa pri bolnikih s Crohnovo boleznijo. Poleg sprememb v lumnu pokaže še spremembe v steni in okolici (bezgavke, fistule). MRE prikaže aktivno vnetje in zožitev svetline črevesa ter razširitev črevesa pred zožitvijo (pomembno za odločitev o vrsti zdravljenja).
Ultrazvok (UZ): pri tej preiskavi z ultrazvočnimi valovi pregledajo medenične organe in organe v trebušni votlini, ne da bi bolnika izpostavljali rentgenskemu sevanju.
Kapsulna endoskopija: preiskava brez RTG sevanja, namenjena endoskopskemu pregledu tankega črevesa. Bolnik s kozarcem vode pogoltne kapsulo z vgrajenimi miniaturnimi kamerami. Senzibilnejša je od drugih slikovnih preiskav (jejunoileografija, MR enterografija, CT enterografija) pri odkrivanju sprememb sluznice pri nestenozantni obliki Crohnove bolezni. Namenjena je bolnikom s sumom na prizadetost tankega črevesa, ki je s predhodnimi endoskopskimi in slikovnimi preiskavami nismo potrdili.